回國後，他在1978年成為安哥拉獨立後首任政府對外關係部的第二副部長，接着在1978至1979年就任規劃部部長。在1979年9月20日，他被選舉為安哥拉人民解放運動主席，而於1992年10月舉行的總統選舉上他當選為安哥拉總統，那次選舉他在第一輪投票中就獲得了49.6%的選票。
多斯桑托斯創造主客觀條件去發展深度的經濟和政治改革的首次嘗試，可以追溯到80年代初，當時他得到工程、法律及經濟等學院的年輕專業人員的支持，然而戰爭不允許這次改革有立竿見影的成果。《比塞斯協議》(Agreements of Bicesse) 確立於這個容許在軍事衝突中有一個過渡的空白期之後，創造了建立民主政權及開放市場的條件。
於多斯桑托斯開始他權力生涯之初的一個關係重大的事實是，於那個死刑在安哥拉還是合法的時候，他從不批准任何來自法院的死刑判決，對這個國家最終廢除死刑作出貢獻。
從1986年至1992年，多斯桑托斯盡努力在背後去推動這個國家及整個非洲地區的和平進程。這時的非洲正日益和平起來：南非最終撤走了職業部隊、古巴軍隊撤離、納米比亞獨立而南非也結束了種族隔離制度。
阻礙安哥拉發展的外部因素消除了，內部的衝突卻加劇起來，為此，多斯桑托斯建立了通過談判解決問題的橋樑，並且積極地開放多元政治和市場經濟，以及在國際監督下於1992年9月29-30進行了多黨制民主選舉。
隨着聯合國安理會對上述自由和公平選舉的反對判決而引致的嚴重危機中，多斯桑托斯為獲得國際的廣泛認同，他個人地進行了密集的外交活動，給予選舉產生的權力機構得以成立的推動力，以及迫使反對派接受談判解決衝突以捍衛民主體制， 1994年11月確立的《盧薩卡協議》將上述使命達成。以此一協議為基礎，去建立一個國家統一及民族和平共處的政府，由國會擁有議席的黨派成員參與，包括軍方反對陣營。
不幸的是，《盧薩卡協議》並未為安哥拉帶來最終的和平。1998年，在暗渡陳倉重整軍備後，叛軍再次發動戰爭，他們深信通過軍事手段可以奪取權力。
在整個國家陷入極端艱難的時期，多斯桑托斯一次又一次顯示了他作為一個政治家所具有的品質，他決定在不宣布戒嚴或實行緊急狀態的情況下對軍事威嚇進行反攻，保持一直國家得以正常運行的民主體制，確保公民的權利、自由和安全得到保障。
於2000年7月29日，聯合國組織讚揚了他，因為他發出了一份聲明，內容提到了原諒所有叛軍，包括他們的首領，只要他們肯去承認合法的權力，並為這個國家的和平及發展、對民主政權的鞏固作出貢獻。
兩年之後，由於執行民族抵抗戰爭的多邊計劃，由安哥拉總統提出倡議，政府軍隊的統領最終與叛軍力量達成停火協議，透過於2002年4月4日在羅安達舉行的一次隆重慶典，正式為戰爭劃上了休止符。
安哥拉總統果斷的處理方式，在同一時間為剛果共和國及剛果民主共和國的穩定局勢作出貢獻，並且為大湖地區提供了一個解決軍事沖突的政治方案。
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